Centrum Innowacyjnej Edukacji Medycznej Collegium Medicum jest międzywydziałową jednostką organizacyjną Uczelni działającą w strukturze organizacyjnej Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum, prowadzącą działalność w zakresie kształcenia kadr medycznych.

Wewnętrznymi jednostkami organizacyjnymi Centrum są:

1. Biuro ds. Obsługi Administracyjnej Centrum Innowacyjnej Edukacji Medycznej Collegium Medicum;
2. Zakład Dydaktyki Medycznej:
   1. Pracownia Laboratoryjnego Nauczania Umiejętności Klinicznych,
   2. Pracownia Laboratoryjnego Nauczania Umiejętności Chirurgicznych,
   3. Pracownia Aktywizujących Metod Nauczania i E-learningu;
3.  Pracownia Kształcenia Interprofesjonalnego.

Zgodnie z Zarządzeniem nr 120 Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego z dnia 25 października 2021 roku 

Centrum Innowacyjnej Edukacji Medycznej Collegium Medicum zlokalizowane jest w wydzielonych pomieszczeniach budynków przy ul. Medycznej 7, św. Łazarza 16, Michałowskiego 12 oraz Zamoyskiego 58.

CIEM udostępniać będzie administrowane pomieszczenia znajdującym się poza strukturą Centrum jednostkom Wydziału Lekarskiego oraz Wydziału Nauk o Zdrowiu i innym jednostkom realizującym zadania dydaktyczne z wykorzystaniem symulacji medycznej.